Synopsis
Sepuluh tahun setelah Pertempuran Upacara, seorang remaja laki-laki bernama Yuuki Judai berangkat untuk bergabung dengan Sekolah Duelist Yousei yang terletak di sebuah pulau terpencil di lepas pantai Jepang. Di sana ia bertemu dengan teman-temannya dan mendapatkan beberapa teman, serta beberapa musuh. Judai ditempatkan di peringkat terendah Osiris Red, tetapi dia terus menguji keterampilannya melawan para mahasiswa dan fakultas untuk membuktikan kemampuannya sebagai Yousei Duelist dan mendapatkan rasa hormat dari semua orang di sekitarnya.